Der Ort dürfte im 9. oder 10. Jahrhundert gegründet worden sein. Im Ortsnamen ist der Name des Gründers, Willibert oder Willhardt enthalten, auf dessen Geheiß die Bauern das Land kultiviert haben.
Tatsächlich wird in den Freisinger Schenkungsurkunden der Edle (=Großgrundbesitzer) und Diakon Willibert genannt, der Ländereien rund um Freising sein Eigen nannte. Er tauschte z.B. um 895 Grundstücke und Höfe mit dem Freisinger Bischof Waldo. Ursprünglich mag die Siedlung Willbertshausen oder Willhartshausen geheißen haben.
Im Laufe der Jahrhunderte ist daraus Willertshausen geworden.